繁華大都會(huì)美國(guó)紐約，邪惡領(lǐng)袖施萊德率領(lǐng)的大腳幫在城市內(nèi)為非作歹，甚囂塵上安保公司老板埃里克·薩克斯推出最新安保系統(tǒng)，發(fā)誓維護(hù)城市的和平。第6頻道女記者愛(ài)普爾·奧尼爾偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的畫(huà)面，在第二次遭遇非常事件時(shí)，她驚訝地發(fā)現(xiàn)四名俠客竟然是變異后的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅。忍者神龜?shù)拿止雌鹆藧?ài)普爾兒時(shí)的記憶，當(dāng)年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實(shí)驗(yàn)的伙伴。她將這個(gè)消息告訴給薩克斯，可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會(huì)面后，才發(fā)覺(jué)薩克斯與施萊德是這座城市內(nèi)的罪惡之源……本片根據(jù)同名經(jīng)典漫畫(huà)改編。