故事講述了被分到問題學(xué)生云集的D班的綾小路清隆和他的同學(xué)們在學(xué)校里掙扎求生的故事。在TV動(dòng)畫第四季《歡迎來到實(shí)力至上主義教室 第四季：二年級(jí)第一學(xué)期》中，春假過后，綾小路和輕井澤成為了情侶，而堀北也不再崇拜她才華橫溢的哥哥岳。隨著他們關(guān)系的逐漸變化，他們也升入了二年級(jí)。綾小路和其他二年級(jí)新生即將迎來他們的第一場特殊考試——筆試，他們將與一年級(jí)新生搭檔。然而，一年級(jí)新生中竟?jié)摲鲁菑陌孜菖蓙淼拇炭?。這種跨越年級(jí)界限的全新關(guān)系，究竟會(huì)帶來風(fēng)暴還是平靜？校園生活的第二年就此拉開帷幕。