1999年，主演動(dòng)作片《生死諜變》，飾演朝鮮特工。
2001年，與張柏芝合作影片《白蘭》，該片獲得韓國(guó)電影大鐘獎(jiǎng)評(píng)審團(tuán)特別獎(jiǎng)。
2002年，崔岷植與全度妍、朱鎮(zhèn)模主演《快樂到死》，飾演銀行職員民基。同年，與安圣基、孫藝珍主演了由林權(quán)澤執(zhí)導(dǎo)的傳記片《醉畫仙》，獲得金棕櫚獎(jiǎng)，2003年戛納電影節(jié)最佳導(dǎo)演獎(jiǎng)，塑造了16世紀(jì)韓國(guó)天才畫家張承世的藝術(shù)形象。
2003年，崔岷植與韓國(guó)黑色類型片導(dǎo)演樸贊郁合作推出了“復(fù)仇三部曲”第二部的驚悚片《老男孩》，獲戛納電影節(jié)評(píng)委會(huì)大獎(jiǎng)，包攬了大鐘獎(jiǎng)、青龍獎(jiǎng)、百想藝術(shù)大賞三個(gè)頒獎(jiǎng)禮的最佳男主角獎(jiǎng)。
2004年，主演影片《當(dāng)春天來到》，同年參演了戰(zhàn)爭(zhēng)片《太極旗飄揚(yáng)》，飾演朝鮮人民軍人。
2005年8月，崔岷植與李俊丘、徐慧林主演動(dòng)作片《哭泣的拳頭》，飾演在街頭上挨打?yàn)樯娜纸┲玻c柳承范飾演的少年教導(dǎo)所柳相換為了最后的希望挑戰(zhàn)新人王決賽，向成龍致敬。該影片由于提前在韓國(guó)上映，因此失去了參加戛納競(jìng)賽單元的資格，但獲得了“導(dǎo)演雙周”單元“評(píng)論家協(xié)會(huì)獎(jiǎng)”，被韓國(guó)媒體譽(yù)為年度十部最佳影片之一和“2005年第一部亞洲影片”。同年，崔岷植與樸贊郁再次合作“復(fù)仇三部曲”的完結(jié)篇《親切的金子》，被女主角李英愛飾演的金子用盡心機(jī)復(fù)仇。
2008年10月，主演及執(zhí)導(dǎo)了與中國(guó)中博影視合作的第一部電影《喜馬拉雅：風(fēng)駐足之處》，扮演了一名叫做CHOI的中年男子。
2010年，與李秉憲主演驚悚片《看見惡魔》，飾演變態(tài)連環(huán)殺人惡魔，該影片獲得第29屆布魯塞爾國(guó)際奇幻電影節(jié)競(jìng)賽單元的金烏鴉大獎(jiǎng)和百想電影部門大獎(jiǎng)。
2011年，與河正宇主演了由尹鐘彬執(zhí)導(dǎo)的犯罪題材影片《與犯罪的戰(zhàn)爭(zhēng)：壞人們的全盛時(shí)代》，憑借該片獲得第6屆亞太電影大獎(jiǎng)最佳男主角，第33屆韓國(guó)青龍電影獎(jiǎng)最佳男主角和第21屆韓國(guó)釜日電影獎(jiǎng)最佳男主角。
2013年，崔岷植與黃政民、李政宰主演了由樸勛政執(zhí)導(dǎo)的動(dòng)作片《新世界》，在片中飾演警察署的老刑警，與出演黑幫“二頭目”的黃政民和身為警察“內(nèi)線”的李政宰爭(zhēng)斗，該影片獲得第34屆韓國(guó)電影青龍獎(jiǎng)和第49屆韓國(guó)百想藝術(shù)大賞。
2014年7月30日，主演了由金韓民執(zhí)導(dǎo)的動(dòng)作歷史片《鳴梁-漩渦之?！罚撚捌木帤v史上1597年的“鳴梁之役”，扮演一代名將李舜臣。同年，與斯嘉麗·約翰遜、摩根·弗里曼主演了由法國(guó)導(dǎo)演呂克·貝松執(zhí)導(dǎo)的以臺(tái)北為背景的科幻動(dòng)作片《超體》，飾演大反派?！而Q梁：旋風(fēng)之?！放c《超體》分別獲韓國(guó)北美票房冠軍，崔岷植成為了史上第一個(gè)出演的兩部影片同時(shí)在韓國(guó)和北美奪得票房冠軍的韓國(guó)演員。
