《神秘博士第五季》講敘了重生后的博士領(lǐng)著旅伴艾米和羅里一塊兒穿梭時(shí)空，歷經(jīng)古代威尼斯、遇到梵高、協(xié)助丘吉爾、擊垮哭泣天使，到開啟潘多拉魔盒，最后甚至是重新啟動(dòng)了整個(gè)宇宙的故事。剛再生的博士遇到了小艾米莉亞·龐德，并告知她只離去5分鐘，結(jié)果則是變成了十二年。當(dāng)他回來時(shí)，察覺他的小朋友現(xiàn)已長(zhǎng)大，還被雇用為慶賀親吻師，博士在無意間改頭換面后依然惶恐不安，最后他尋找到處理恐怖的零號(hào)囚犯和一樣恐怖的追捕者謎團(tuán)的辦法。然而，艾米家墻面上的裂縫是一個(gè)更繁瑣的問題，并引起了后來一連串的故事。

新一任博士感覺既傳統(tǒng)化又新鮮，完全恰當(dāng)。本劇開拍時(shí)僅有26歲的馬特·史密斯是截止到那時(shí)候最年輕的博士飾演者，他扮演的角色有些像1個(gè)有較長(zhǎng)記憶的瘋狂新生嬰兒。再為他搭檔1個(gè)更年輕的小伙伴——天真又堅(jiān)毅的艾米·龐德，使博士的活力增長(zhǎng)，并且好像有意與上一任博士日漸困擾的任期產(chǎn)生鮮明對(duì)比。